O vírus do sarampo pode ser identificado na urina, nas secreções nasofaríngea e orofaríngea, no sangue, no líquor ou em tecidos do corpo (óbito); contudo, no protocolo do Ministério da Saúde (MS), realiza-se a pesquisa para detecção viral em amostras de orofaringe, nasofaringe e urina, pela técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR).