Para o tratamento da estomatite protética, além do uso local e/ou sistêmico de antifúngicos faz-se necessário a implementação de hábitos de higiene pelo paciente e muitas vezes a substituição das próteses. A conduta terapêutica a ser aplicada ao tratamento da estomatite protética vai depender do estado em que se encontra a mucosa oral, conforme for diagnosticado no exame clínico.